El elemento más reconocible del castillo de Préjano es su torre pentagonal. La torre que se conserva se levantó en el siglo XV sobre un emplazamiento que ya había tenido una fortificación anterior. En 1151 se documenta la concesión de la villa y el castillo por Alfonso VII a Martín Ferrández, alcaide de Calahorra. A finales del siglo XIII la fortaleza pasó a la Orden de Calatrava.
La torre se construyó en mampostería con refuerzos de sillería y formaba parte de un recinto amurallado de planta rectangular. Conserva un acceso elevado con arco apuntado y restos que permiten reconocer la disposición de sus plantas. Los trabajos arqueológicos iniciados en 2007 identificaron fases previas de ocupación y estructuras como un aljibe. La restauración de la torre concluyó en 2019.